Война Гэмпэй получила свое название по сочетанию иероглифов, обозначающих Минамото и Тайра.
Соперничество между Тайра и Минамото было жестоким, оба старинных клана вели свое происхождение от императорских династий и были достаточно могущественны. Однако имелось между ними и существенное различие. Хэйкэ имели тесные связи со двором и, подобно Фудзивара, вступали в браки с членами императорской семьи. Многие представители этого клана были известны не только как доблестные воины, но и как талантливые художники и писатели. Гэндзи, с другой стороны, были неотесаными мужланами; обе семьи презирали друг друга.
Воинствующие сохэй, представлявшие третью силу (иногда выступавшую на стороне Гэндзи, иногда за Хэйкэ), часто фигурируют в описаниях сражений. Одно из таких сражений произошло в 1180 г. у моста через реку Удзи, где сохэй из храма Тодайдзи, поддерживающего Минамото, противостояли огромному войску Хэйкэ. Разобрав доски моста, чтобы обезопасить свой отход, около 250-300 преданных Гэндзи монахи и самураи почти в течение целого дня сдерживали атакующие силы Хэйкэ и их союзников, пока один из вражеских отрядов не форсировал реку вброд и не рассеял обороняющихся. В этом сражении прославился доблестный сохэй по имени Тадзима: стоя на уцелевших досках моста, он отбивал летящие в него стрелы огромной нагината. В итоге Тайра одержали победу, невзирая на мужественное сопротивление воинов Гэндзи. В отместку Киёмори сжег храм Тодайдзи, и более 3500 человек погибли в его пламени. Вскоре после этого Киёмори умер — как говорили многие, в наказание за нападение на храм.
Преждевременная гибель Мотихито в сражении чуть быдо не привела к провалу восстания Минамото. Однако Ёритомо твердо решил не сдаваться. С этого момента он играл роль организатора, командира и политика, оставив руководство армией своему брату Ёсицунэ и кузену Минамото Кисо-но Ёсинака. Женой Ёсинака была Томоэ Годзэн, сама знаменитая воительница. Она часто сопровождала Ёсинака в военных походах и сражалась с ним бок о бок.
В 1182 г., после нанесения серьезного поражения Тайра, Ёсинака захватил столицу. Он назначил себя сегуном (что само по себе было незаконно) и начал репрессии против своих врагов. Хэйкэ бежали, захватив с собой малолетнего императора Антоку. С этого момента Ёситомо начал рассматривать Ёсинака в качестве потенциального врага, а не родственника и союзника. Присвоение Ёсинака титула сегуна, каким бы беззаконным оно ни было, задело Ёритомо, поскольку титул должен был принадлежать ему как главе клана Минамото.
Ёритомо заручился помощью Ёсицунэ, младшего из военачальников Гэндзи, который в японских анналах выступает почти как эпический герой. Такое произошло, благодаря отчасти его безусловной воинской доблести, но в большей степени благодаря трагическому и романтическому ореолу, окутывавшему его на протяжении всей жизни.
Впервые он стал известен, когда по приказу Ёритомо нанес удар по его величайшему врагу — Минамото Кисо-но Ёсинака. Ёритомо, находясь в Камакура, вел себя так, словно уже был хозяином Японии, отправляя своих родственников сражаться за себя. Ёсинака был разгромлен и бежал вместе с женой и несколькими подданными; его небольшой отряд попал в засаду, а сам он был вскоре убит, когда в одиночестве направлялся в сторону Авадзу. Согласно легенде, его жена Томоэ Годзэн сразила несколько человек из числа нападавших, после чего укрылась в храме и приняла монашеский постриг.
Тем временем Хэйкэ укрылись в хорошо укрепленном замке Итинотани. С севера замок защищали скалы, а к югу от него в гавани стоял флот Хэйкэ. Понимая, что враги ожидают нападения с востока или запада, Ёсицунэ решил с небольшим отрядом из 200 всадников обрушиться на замок прямо со скалы. Поздно ночью 18 марта 1184 г. они атаковали. Вот как это описывается в Хэйкэ моногатари (Повести о доме Тайра): «Во главе тридцати всадников Ёсицунэ ринулся вниз со скалы, остальные последовали за ними. Стремена тех, кто был позади, едва не били по шлемам тех, кто был впереди. Склоны утеса были песчаными, и всадники стремительно и опасно спускались вниз… Зрелище было настолько ужасным, что они закрывали глаза». Нападение было столь неожиданным, что Хэйкэ едва избежали полного уничтожения.
Менее удачливыми они оказались в заливе Данноура, где произошло морское сражение, в котором Ёсицунэ нанес им такое сокрушительное поражение, что Тайра начали совершать массовые самоубийства. Бабушка императора Антоку (вдова Киёмори) бросилась в море с юным императором, а Тайра-но Норимори привязал к поясу якорь, после чего прыгнул за борт. Тайра-но Норицунэ схватил по одному воину Гэндзи каждой рукой, крепко прижал их и также бросился в волны. Тайра-но Томомори облачился во второй комплект доспехов и последовал за ними в бурлящие волны.
Тайра были окончательно разгромлены — что было огромной потерей для Японии, поскольку среди погибших Хэйкэ было немало людей высокой культуры, людей образованных и утонченных. Однако борьба Ёритомо на этом не закончилась. Ёсицунэ вошел в Киото как освободитель и был назначен на должность кэбииси — ту самую должность, в которой было отказано Тайра-но Масакадо около 250 лет назад. Ёритомо все больше тревожила возрастающая популярность младшего брата. Историки считают, что основной причиной размолвки стала зависть предводителя Гэндзи по отношению к Ёсицунэ. Каковы бы ни были причины, но вскоре Ёритомо отдал приказ об убийстве своего брата. На протяжении пяти лет по всей Японии шла охота на Ёсицунэ с немногими вассалами, которые погибали один за другим, — череда этих смертей завершилась в 1189 г. самоубийством Ёсицунэ, пока последний из его подданных — великан монах Бэнкэй — сдерживал преследователей.
В 1192 г. Ёритомо был провозглашен сегуном и приступил к формированию нового органа власти — военного правительства, подчинявшегося сегуну, в отличие от гражданского правительства во главе с канпаку. Началась эпоха Камакура.