Сайго, раненый и окруженный вражескими войсками, покончил с собой в традиционной для самураев манере, сделав сеппуку 24 сентября.
Глобальные реформы, проведенные за несколько лет, неминуемо должны были встретить сопротивление. Чувство клановости, глубоко укоренившееся в самураях за многие века, было еще живо, и некоторые бывшие феодалы, даймё и самураи, а также члены первых правительств эпохи Мэйдзи, испытывали в глубине души тоску по прежним временам. Те, кто был особенно привязан к прошлому, пытались бунтовать против нововведений, которые они ставили в упрек советникам и министрам, но отнюдь не императору, неизменно считавшемуся непогрешимым правителем, чья личность была неприкосновенна. Вспыхнули восстания в Хиго, Акизуки, Тикудзэн, Тёсю. Но бунт во всех случаях был подавлен, поскольку народ не поддерживал повстанцев, и зачинщиков мятежей казнили в 1876 году.
Наиболее серьезное восстание произошло в следующем году. Сайго Такамори (1827—1877) из клана Сацума, участвовавший в реорганизации императорской армии, яростно осудил введение всеобщей воинской повинности, что, по его мнению, уничтожало привилегии самураев, роль которых до этого как раз и заключалась в защите страны. Сайго Такамори был участником вооруженного вторжения на территорию Кореи. Это военное предприятие на какой-то миг вновь зажгло в самураях пламя отваги, хотя оно и противоречило мирным устремлениям Окубо Тосимити и Ивакуры Томоми (1825—1883), который возвратился в Японию после посольства в Соединенные Штаты и путешествия по Европе. Такамори оставил свой пост одновременно с другими санги (советниками) — участниками войны, и вернулся в Сацуму. Там он занялся обучением самураев, сохранивших ему верность, якобы для того, чтобы освоить с ними земледелие. Правительство забеспокоилось и в 1877 году отправило в Кагосиму корабль, чтобы захватить склад с оружием, собранным Сайго и его «учениками».
Последние скрылись в горах, прихватив с собой оружие, и Сайго неожиданно для правительства оказался во главе четырнадцати тысяч вооруженных самураев. В его планы входило соединение со сторонниками Тёсю и продвижение до Киото, где он рассчитывал получить поддержку. Но правительственные войска, незамедлительно выступившие против повстанцев, сумели удержать их в пределах острова Кюсю, несмотря на жестокое сопротивление. Прекрасно обученная и дисциплинированная армия императора разбила Сайго в январе 1877 года. Сам Сайго, раненый и окруженный вражескими войсками, покончил с собой в традиционной для самураев манере, сделав сеппуку 24 сентября. Остальные восставшие были либо убиты, либо посажены в тюрьму.
Единственный раз до страны донеслось эхо этого восстания, когда в 1878 году несколько самураев, преданных Сайго, организовали убийство министра Окубо, которого они обвинили в поражении своего предводителя.