Первое сражение войны Онин (как и большинство японских войн, получившей название эпохи, в которую она началась) произошло в 1467 г., когда люди Хосокава атаковали особняк военачальника Ямана, стоявший напротив дворца сегуна.
Жизнь Японии в период Асикага не всегда протекала мирно. Впервые за оружие взялась новая сила — крестьяне. Несколько раз в период между 1428 и 1461 г. тысячи крестьян объединенными бандами, называемыми икки, нападали на столицу. Изначально, в отличие от ранних сохэй, они объединялись для совместной защиты своих интересов. Причиной выступлений был непосильный финансовый гнет, возложенный на крестьян рядом эдиктов. Озлобленные ростовщиками и сборщиками налогов, крестьяне прибегали к самым крайним мерам — грабежам и поджогам.
Этими воинственными крестьянами стали пополняться отряды сюго-даймё, постоянно нуждавшихся в живой силе. Крестьяне, занимавшие в армиях самое низкое положение, назывались асигару («легкие ноги»). Для их снаряжения не требовалось много денег, так как доспехи и оружие крестьяне должны были добывать самостоятельно. Значительный рост хорошо вооруженного и обученного воинского класса асигару привел к политической ситуации, получившей название гэкокудзё: низшие одолевают высших. Это было время, когда все определяла сила.
Одна из наиболее опустошительных междоусобных войн затронула только Киото, но едва не разрушила город — при этом ни одна из сторон не смогла объявить себя победительницей. Очень трудно определить основную причину этой войны, в центре которой оказались две могущественные семьи, состоящие в родственной связи.
Ямана и Хосокава находились в оппозиции друг к другу, однако неясно, что послужило причиной размолвки между двумя крупными феодалами — Кацумото Хосокава и его тестем Ямана Содзэном. Учтивый и культурный Кацумото являлся влиятельным советником сегуна, тогда как Содзэн, известный крайней амбициозностью, отличался дурным нравом и отсутствием манер. Когда сёгун Ёсимаса (1443-1474 гг.) сделал попытку уйти в отставку, разгорелась война между его сыном и младшим братом, которому он, как своему заместителю, обещал управление сёгунатом. Кацумото и Содзэн поддержали своих претендентов на должность сегуна: Содзэн — сына, а Кацумото — брата. В прошлом обе семьи соперничали между собой по вопросам наследства, на этот раз борьба разгорелась за контроль над страной.
Первое сражение войны Онин (как и большинство японских войн, получившей название эпохи, в которую она началась) произошло в 1467 г., когда люди Хосокава атаковали особняк военачальника Ямана, стоявший напротив дворца сегуна. Опять в столице вспыхнули пожары и начались грабежи. Стража императорского дворца была значительно увеличена, иногда ее численность даже превышала разумные пределы. Уверенный в своих силах Содзэн в 1467 г. попытался осуществить нападение на императорский дворец, но, узнав об этих планах, Кацумото предупредил императора, который смог укрыться от грозящей ему опасности в ставке бакуфу.
В течение следующих нескольких месяцев большая часть северного Киото была разрушена. После одного из сражений с поля боя вывезли семь больших тележек голов, после чего их перестали считать и просто вываливали в канавы — столько было погибших. Противники нападали, отступали и снова занимали оставленные позиции, пока линия противостояния не пролегла через главную улицу древней столицы. Хосокава удалось убедить сегуна объявить Ямана мятежником — возможно, потому, что дворец сегуна находился в контролируемой им части города. В течение месяцев на улицах Киото шла затяжная позиционная война.
В то время как Киото терзала война, сёгун Ёсимаса занимался строительством примыкающего к Золотому Павильону нового, Серебряного Павильона. К его досаде, на завершение этого проекта не хватило денег, поэтому крыша нового здания так никогда и не стала серебряной; по сей день черные стены этого сооружения напоминают о тщете человеческих помыслов. Пока общество раздирала междоусобица, Ёсимаса продолжал заниматься искусствами, проявляя абсолютное равнодушие к царящему вокруг него хаосу, в создании которого сыграл далеко не последнюю рать.
В декабре 1477 г., через десять лет войны, командующий силами Ямана (Содзэн умер в 1473 г.) предал Киото огню и ушел из города. Хотя война Онин закончилась, многие асигару и прочие наемники продолжали мародерствовать, пьянствовать и драться между собой. Прошли месяцы, прежде чем в Киото установился порядок.
Одним из итогов войны Онин явилось критическое ослабление бакуфу Асикага. Следующий сёгун Асикага стал просто марионеткой в руках семьи Хосокава.